മണിമലയാറ്റിൽ ജലനിരപ്പ് താഴ്ന്നു. സാധാരണയായി കർക്കിടക മാസത്തിൽ വലിയ അളവിൽ മഴ ലഭിക്കും. അപ്പോൾ ജലനിരപ്പ് ഉയരുകയാണ് പതിവ്. എന്നാൽ നിലവിൽ വലിയ കയങ്ങൾ ഒഴികെ മിക്കയിടങ്ങളിലും ജലനിരപ്പ് വലിയ തോതിൽ താഴ്ന്ന നിലയിലാണ്. ഭൂഗർഭ ജലനിരപ്പിലും വലിയ വ്യതിയാനം ഉണ്ട്. മഴ നിലച്ചതോടെ പല പ്രദേശങ്ങളിലും മൺ കൂനകൾ തെളിഞ്ഞ നിലയിലാണ്. മണിമലയാറിന്റെ തുടക്കമായ പുല്ലകയാറ്റിലും സ്ഥിതി വ്യത്യസ്തമല്ല. പലയിടങ്ങളിലും പാറക്കൂട്ടങ്ങൾക്ക് ഇടയിൽ ചെറിയ നീരൊഴുക്കു മാത്രമാണുളളത്.
ഈ സ്ഥിതി തുടർന്നാൽ മണിമലയാറിനെ ആശ്രയിച്ച് കഴിയുന്ന ജലപദ്ധതികൾ പ്രതിസന്ധിയിലാകാൻ സാധ്യതയുണ്ട്. ആറിന്റെ മണൽ നിറയുന്ന ഭാഗം മുതലാണു ജലത്തിന്റെ അളവു രേഖപ്പെടുത്തുന്നത്. എന്നാൽ പലപ്രദേശങ്ങളും വ്യാപകമായി മണൽ വന്നടിഞ്ഞ് പൊങ്ങിക്കഴിഞ്ഞു. മണൽപാളികളിൽ വെള്ളം നിൽക്കാത്തതും ജലനിരപ്പു കുറയാൻ കാരണമായി. 2018ലെ പ്രളയത്തിനു ശേഷം മണ്ണും ചെളിയും വന്നടിഞ്ഞതും ജലനിരപ്പ് കുറയാൻ കാരണമായി.